no se le puede cambiar el color
lo que puedes hacer es crearte tu propia ventana con javascript asi la arreglas a tu gusto
si buscas en google
popup dhtmlconseguiras algunos scripts y de hay te podes personalizar una
hay algunas herramientas online para generarlas
por ejemplo You are not allowed to view links.
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Logintambien e visto un par de programas para generar popups dhtml
despues solo seria copiar y pegar